Как удалить помеченные на удаление объекты в 1С, если пишет «объект не может быть удалён»?

Пометка на удаление — это только флажок, физически объект живёт в базе, пока его не удалит специальная обработка. Она же проверяет ссылочную целостность: удалить объект, на который кто-то ссылается, нельзя — иначе в базе появились бы «битые» ссылки.
Штатный путь: «Администрирование → Обслуживание → Удаление помеченных объектов». Обработка выполняется монопольно или в фоне (зависит от релиза), сначала показывает список того, что удалить не получилось, и главное — по каждому объекту список ссылающихся документов.
Что делать с «не удаляется»:

1. Откройте список ссылок по проблемному объекту (кнопка со списком мест использования). Обычно там ровно один документ, о котором вы забыли: старый акт, ввод остатков, задание в очереди.
2. Если ссылающийся документ тоже мусор — пометьте на удаление и его, потом запускайте удаление ещё раз; удаляйте «пачками» сверху вниз по цепочке.
3. Если ссылающийся документ нужен — значит, объект удалять нельзя в принципе. Снимите пометку и оставьте: помеченный, но живой элемент не мешает работе, он просто скрыт из списков.
4. Дубли контрагентов и номенклатуры удаляются иначе: не пометкой, а обработкой «Поиск и удаление дублей» — она переносит ссылки со старого элемента на новый, после чего дубль удаляется без сопротивления.

Практические правила: запускайте удаление в нерабочее время (обработка блокирует пользователей и может идти часами на большой базе), делайте копию перед первым запуском на объёме, и не пытайтесь удалять объекты напрямую через конфигуратор или запросом к СУБД — так и появляются «битые» ссылки, из-за которых потом не закрывается месяц.
Если база большая и удаление не укладывается в ночь, его разбивают по видам объектов и запускают регламентным заданием по частям.