Безопасно ли запускать скачанную из интернета внешнюю обработку 1С?

Просто запускать в рабочей базе — нельзя. Внешняя обработка выполняет произвольный код с правами вашего пользователя: она может массово изменить или удалить данные, выгрузить базу наружу, испортить справочники — и «групповое изменение документов» как раз из самых опасных категорий, потому что пишет в данные массово.
Минимальная гигиена:

1. Запуск сначала на копии базы (развернуть копию — полчаса, восстановление после плохой обработки — дни). Прогнали, посмотрели результат — только потом в рабочую.
2. Свежий бэкап перед запуском в рабочей базе даже после успешного теста.
3. Источник: обработки с ИТС/известных профильных ресурсов с репутацией — приемлемый риск; «файл с форума от анонима» — код стоит показать своему специалисту, это полчаса ревью.
4. Запускайте под пользователем с минимально нужными правами, не под полным администратором.
5. Признаки, после которых продолжать нельзя: обработка просит отключить контроль/защиту, лезет в интернет без объяснимой причины, время выполнения и объём изменений сильно больше заявленного.

Платная альтернатива со специалистом дешевле восстановления убитой базы — учитывайте это в «экономии» на бесплатных обработках.