Как сделать перерасчёт в 1С:ЗУП за прошлый период — доначислить или удержать?

Правильный механизм — не редактировать закрытые начисления, а дать ЗУП пересчитать прошлое текущим месяцем:

1. Внесите ПРИЧИНУ перерасчёта задним числом: в вашем случае — документ о надбавке («Изменение оплаты труда»/кадровый перевод) с датой начала два месяца назад. Закрытые расчётные документы при этом не трогаем.
2. ЗУП зафиксирует расхождение и создаст запись в «Зарплата → Перерасчёты» — проверьте там, что попали нужные сотрудник и период. Если записи нет — добавьте вручную кнопкой «Добавить» (сотрудник + период перерасчёта).
3. В ближайшем «Начислении зарплаты» появится вкладка/строки «Доначисления, перерасчёты» — суммы за прошлые месяцы начислятся текущим месяцем, НДФЛ и взносы досчитаются сами.
4. Если пересчёт В МИНУС (переплатили): удержание из будущей зарплаты ограничено (по общему правилу 20% с выплаты, счётная ошибка/согласие сотрудника — отдельная история, это уже вопрос к кадровику/юристу) — ЗУП удержит постепенно.

Важно про отчётность: доначисление текущим периодом НЕ требует уточнёнок по НДФЛ/взносам за прошлые месяцы — доход отражается месяцем выплаты. Уточнёнки нужны, только если правите сами закрытые ведомости задним числом — поэтому так и не делаем.
Если перерасчёты после ваших действий полезли массово и непонятно почему — не проводите начисление, разберитесь с причиной (см. вопрос про перерасчёты после обновления).