Пени и корректировки по ЕНС — как отразить в 1С, чтобы сальдо сошлось с ФНС?

Пени, проценты, доначисления по решениям и прочие «внешние» начисления ФНС в 1С сами не появляются — их вносят документом «Корректировка ЕНС» (Операции → Единый налоговый счёт → Корректировки, в свежих релизах — «Операция по ЕНС» с видом Пени/Штраф/Корректировка).
Порядок, который сходится на практике:

1. Возьмите в ЛК ФНС детализацию: справка о наличии сальдо + справка о принадлежности сумм ЕНП. Работайте от документов ФНС, а не от «цифры на экране».
2. Пени: документ «Корректировка ЕНС» с видом операции «Начислены пени» на дату начисления — появится долг на 68.90 и расход (91.02 или 99 — по вашей учётной политике, пени по налогам в НУ не принимаются).
3. «Зарезервировано» в ЛК — это суммы, отложенные под будущие начисления (обычно по уведомлениям): в 1С отдельно не отражаются, при сверке сравнивайте общее сальдо ЕНС, а не только «свободный остаток».
4. В новых релизах БП 3.0 есть автоматическая сверка с ЛК ФНС («Интеграция с ФНС» / подключение к ЛК через 1С-Отчётность): расхождения показываются построчно — включите, руками сверять почти перестанете.

После корректировок закройте месяц заново — регламентная операция «Зачёт аванса по ЕНС» пересоберёт распределение.